검찰은 법원으로부터 체포영장을 발부받아 지난 26일 밤 11시께 수도권 소재 대형병원 인근에서 이씨를 체포했다. 또한 경기 안성 소재 이씨의 자택과 이씨가 근무 중인 모 의과대학 사무실 등에 대한 압수수색 영장을 집행해 컴퓨터 하드디스크, 통장, 유 전 회장의 사진첩 등도 확보했다.
검찰은 이씨가 유 전 회장의 도피를 총괄 기획한 것으로 보고 있다. 검찰은 이씨가 미네랄 생수, 마른 과일 등 유 전 회장의 도피 생활에 필요한 식료품과 차명 휴대전화, 차량 등 도주 수단 등을 제공하는 데 핵심적인 역할을 한 것으로 의심하고 있다.
또한 이씨는 유 전 회장의 도피를 총괄 기획한 혐의 외에도 유 전 회장의 사진 작품을 비싼 가격에 사들이는 방식으로 재단에 손실을 끼친 혐의(배임)도 받는 것으로 전해졌다.
모 의과대학 교수이기도 한 이씨는 기독교복음침례회(일명 구원파) 내에서 지도자 역할을 하는 등 상위 서열에 속한 것으로 알려졌다. 실제로 그는 지난 18일 구원파 측이 금수원 시설 일부를 언론에 공개했을 당시 기자회견을 주도했던 인물이기도 하다.
그는 기자회견을 통해 "유 전 회장 개인 재산이 교단에 들어온 것은 없고 금수원 농장도 교인 헌금으로 조성됐다"며 "유 전 회장과 교단은 관계가 없다"고 밝힌 바 있다.
하지만 이씨는 “세월호 침몰 사고가 발생하고 1주일 정도 지난 이후 유병언 전 회장과 마지막으로 금수원에서 만났다”며 유병언 전 회장이 금수원 내부에 머물렀음을 시인했다
검찰은 조사를 마친 뒤 이날 안으로 이씨에 대한 구속영장 청구 여부를 결정할 방침이다.