2008년부터 매년 실시되고 있는 건강조사는 23개동에서 표본가구로 선정된 19세 이상 성인 905명을 대상으로 지역주민의 의료이용 및 생활습관과 관련한 건강행태 등 18개 분야에 대해 조사원이 직접 가정을 방문, 1:1 면접조사를 실시한다. 이를 통해 지역보건사업의 우선순위를 결정하고 방향을 제시하는 기초자료로 활용한다.
2013년 조사 결과, 목포시의 고혈압과 당뇨병의 약물치료율은 각각 89.2%, 93.9%로 전남도에 비해 고혈압 치료율은 2% 낮고, 당뇨병 치료율은 4.7% 높았다.
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